Se encuentra bajo la administración del municipio de Mérida en la modalidad de Zona Sujeta a Conservación Ecológica, tiene como objetivo proteger, conservar y garantizar el suministro del recurso hídrico. Este territorio alberga el reservorio de agua más importante, el cual abastece al municipio a través de la planta potabilizadora Mérida I.
Para garantizar la conservación de la reserva, es necesario el trabajo en conjunto y multidisciplinario. En este sentido, se impulsó la creación del Organismo Público Municipal Descentralizado de Operación y Administración de la Zona Sujeta a Conservación Ecológica Reserva Cuxtal en el año 2017.